第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗
Anne-Carolyne Binette , Nick Biskupek , Blake Canning
基努·里维斯 , 爱丽丝·伊芙 , 艾米丽·阿琳·林德 , 托马斯·米德蒂奇 , 恩杰伊·安东尼 , 约翰·奥提兹 , 尼亚切·海邓迪 , 艾莉亚·莱蕊克·勒布 , 艾梅柏·里维拉 , 艾梅柏·汤森 , 杰弗里·霍尔斯曼 , 桑娴·洛格罗诺 , 奥马尔·克鲁兹·索托 , 伊万·J·托雷斯·拉桑塔 , 让·皮埃尔·普拉茨 , 伊夫林·迪安-奥姆斯特德
赤楚卫二 , 白石麻衣 , 柳俊太郎 , 市川由衣 , 川崎麻世 , 早见明里 , 笕美和子 , 北村一辉
杨丞琳,许玮甯,高慧君,龙劭华,黄河,吴念轩,乔湲媛,林裔臻,林芷瑈,黄镫辉,刘引商
马克·沃尔伯格,罗素·克劳,凯瑟琳·泽塔-琼斯,杰弗里·怀特,巴里·佩珀,阿隆娜·塔尔,娜塔丽·马丁内斯,詹姆斯·兰索恩
卢克·本沃德,诺亚·格雷·卡比,乔尼·波查普
